Có nhiều biến thể đối với các quy tắc chơi và danh sách đơn vị có sẵn để sử dụng, thường là khi có sự đồng ý của đối thủ.[43] Những quy tắc này được tìm thấy trong ấn phẩm <i id="mwAa0"></i>White Dwarf của Hội thảo Trò chơi, trên trang web Hội thảo Trò chơi hoặc trong các ấn phẩm của Forge World Imperial Armour.

Các quy tắc của Warhammer 40.000 được thiết kế cho các trò chơi từ 500 đến 3000 điểm, với các giới hạn của một khung chơi gọi là Biểu đồ Tổ chức Lực lượng khiến các trò chơi có giá trị điểm lớn hơn trở nên khó chơi. Đáp lại ý kiến của người chơi, bản mở rộng quy tắc Apocalypse đã được giới thiệu để cho phép chơi các trò chơi hơn 3000 điểm. Người chơi có thể tham gia toàn bộ 1000 người của Space Marines thay vì phân đội nhỏ hơn khoảng 30–40 thường được sử dụng trong một trò chơi tiêu chuẩn. Apocalypse cũng có các quy tắc sử dụng các cỗ máy chiến tranh lớn hơn như Titan.

Cities of Death (bản cải tiến của Codex Battlezone: Cityfight) giới thiệu các quy tắc cho chiến tranh đô thị và chiến tranh du kích, và cái gọi là "mưu lược", bao gồm cả bẫy và công sự. Nó cũng có các phần mô hình hóa địa hình thành phố và cung cấp các ví dụ về các đơn vị và danh sách đơn vị chiến đấu được mô phỏng xung quanh chủ đề chiến đấu trong đô thị. Tác phẩm này đã được cập nhật lên Phiên bản thứ 7 với sự ra mắt của Shield of Baal: Leviathan.[44]

Planetstrike, phát hành năm 2009, đặt ra các quy tắc cho phép người chơi đại diện tại các giai đoạn đầu của một cuộc xâm lược hành tinh. Nó giới thiệu các động lực mới trong trò chơi, chẳng hạn như chia người chơi thành một kẻ tấn công và một người phòng thủ, mỗi người có các chiến thuật khác nhau phù hợp với vai trò của họ; ví dụ, bên tấn công có thể tấn công sâu vào tất cả đơn vị bộ binh, đơn vị có khả năng nhảy và triệu hồi các sinh vật quái dị lên chiến trường, trong khi bên phòng thủ có thể thiết lập mọi địa hình trên chiến trường một cách dễ dàng.

Planetary Empires, được phát hành vào tháng 8 năm 2009, cho phép người chơi điều phối các chiến dịch quy mô đầy đủ bao gồm nhiều trận chiến, mỗi chiến dịch sử dụng các quy tắc tiêu chuẩn hoặc các phần bổ sung được chấp thuận như Planetstrike, Cities of Death hoặc Apocalypse. Tiến trình thông qua chiến dịch được theo dõi bằng cách sử dụng các ô hình lục giác để thể hiện quyền kiểm soát hiện tại của các lãnh thổ trong chiến dịch. Cấu trúc tương tự như Mighty Empires của Warhammer Fantasy.

Battle Missions, được phát hành vào tháng 3 năm 2010, bản mở rộng này chứa một loạt các 'nhiệm vụ' với các mục tiêu cụ thể, mỗi 'chủng tộc' có ba nhiệm vụ cụ thể có thể được chơi, những nhiệm vụ này được xác định bằng một con xúc xắc và thường được chọn từ hai đội quân đang đã sử dụng. Họ vẫn sử dụng các quy tắc tiêu chuẩn từ cuốn sách quy tắc chơi Warhammer 40.000.

Spearhead, phát hành tháng 5 năm 2010, cho phép người chơi chơi các trò chơi tập trung nhiều hơn vào lực lượng thiết giáp và cơ giới hóa. Thay đổi đáng chú ý nhất đối với trò chơi là bao gồm các "Spearhead Formations;" và linh hoạt hơn trong việc tổ chức lực lượng. "Spearhead Formations" đại diện cho một sự bổ sung mới và hoàn toàn tùy chọn cho tiêu chuẩn hệ thống tổ chức lực lượng trong Warhammer 40.000. Người chơi hiện có khả năng sử dụng tất cả, một phần hoặc không tổ chức lực lượng tiêu chuẩn. Spearhead cũng bao gồm các tùy chọn triển khai và lên kịch bản cho một game mới. Bản mở rộng này đang được phát hành chung thông qua trang web Games Workshop, dưới dạng tải xuống miễn phí và thông qua tạp chí hàng tháng của công ty White Dwarf.

Death from the Skies, phát hành tháng 2 năm 2013, có những quy tắc chơi trò chơi nhấn mạnh vào máy bay. Có những quy tắc cụ thể cho máy bay của mỗi cuộc chiến, cũng như các nhiệm vụ có thể chơi được. Một điều đáng chú ý trong bản phát hành này là "đặc điểm lãnh chúa" cho từng chủng tộc đối phó cụ thể với máy bay. Phần bổ sung này vẫn sử dụng các quy tắc tương tự như sách quy tắc Warhammer 40.000. Đã được cập nhật lên Phiên bản thứ 7 với Shield of Baal: Leviathan.

Stronghold Assault, được phát hành vào tháng 12 năm 2013, là bản mở rộng 48 trang chứa nhiều quy tắc chơi hơn cho các công sự trong trò chơi, cũng như các quy tắc chơi cho nhiều công sự hơn được liệt kê trong Sách Quy tắc Phiên bản thứ 6 chính.

Escalation, được phát hành vào tháng 12 năm 2013, có các quy tắc chơi trò chơi với chiến xa siêu hạng nặng, thường được giới hạn trong các sự kiện Ngày tận thế và trong các sự kiện thông thường.